参见：欽定藏內善後章程
1791至1793年之間，廓爾喀（今尼泊爾）軍隊入侵西藏。當時，西藏政府請求清政府派兵支援。驅逐廓爾喀軍隊之後，乾隆皇帝以完善西藏行政為理由，制定了《二十九條章程》，要求以“金瓶掣簽”認定達賴喇嘛、班禪喇嘛和其他呼圖克圖的轉世[1]。
用金瓶掣签的方式来认定藏传佛教最高等的大活佛转世灵童，是清乾隆五十七年（1792年）正式设立的制度。
元代以来，西藏事务俱是由西藏僧侶的領袖人物、信奉藏传佛教的蒙古王公與西藏的大贵族操持。中國皇帝对西藏重大事务时尔也派钦差进藏督办。清朝初期，北京加强了对西藏的控制。康熙帝、雍正帝、乾隆帝考虑到对边远蒙古部族，西藏的大贵族的约束，都对西藏达赖和班禅两大活佛轉世体系采取优抚政策。
在清朝康熙至乾隆时期，西藏各教派纷争激烈。游牧于青海的蒙古王公和西藏的地方門閥势力，用各种办法控制西藏的大活佛，以便扩张自己的势力，并巩固所获得的特权。当时，蒙藏地区大活佛圆寂之后，转世灵童主要是由最有名望的靈媒巫师“吹冲”来认定。
雍正五年，清政府正式在西藏设立驻藏大臣衙门，内阁学士僧格和副都统马喇成为首任驻藏大臣。驻藏大臣不仅直接掌管西藏政务，还直接督察西藏宗教重大事务。对大活佛转世灵童的认定除了“吹冲”降乩以外，还需报驻藏大臣，并由驻藏大臣上奏清朝皇帝恩准。“吹冲”在各种贿赂下，在跳神降乩中，假借神谕，指定的活佛转世灵童大多出自蒙古王公或西藏的大贵族之家，有的甚至还是“吹冲”家族中人。这种大活佛几都出自一家一族的现象，也是促使乾隆皇帝下决心整治西藏活佛转世制度流弊的一个重要原因。
1785年清乾隆四十九年，噶玛噶举派红帽系第十世夏瑪巴活佛却朱嘉措外逃到廓尔喀国（今尼泊尔），并挑唆廓尔喀王发兵入藏。廓尔喀人第一次侵藏获利不多，到乾隆五十六年，廓尔喀兵再次入侵西藏，将扎什伦布寺洗掠一空后，又攻打日喀则宗城堡。乾隆皇帝派嘉勇公福康安为大将军，率兵入藏，由日喀则一路南下，将廓尔喀兵逐出西藏，并挟军威，一路扫荡，最后兵临廓尔喀首都加德满都城下。廓尔喀国王投降，并将确朱嘉措的尸骨、妻小及掠去的扎什伦布寺部分财物一并送至福康安幕府，表示永不敢犯边界，还许诺向大清五年一朝贡。
福康安班师西藏后，按乾隆帝旨意对西藏事务进行了整饬，以完善西藏行政為理由，訂立了治理西藏的多項章程，要求以“金瓶掣簽”認定達賴喇嘛、班禪喇嘛和其他呼圖克圖的轉世。福康安严惩确朱嘉措的叛国行为，废除了夏玛巴活佛转世，查抄了该系的寺庙和财产，并强令其所属百余名红帽喇嘛改奉黄教。从此，噶玛噶举红帽系在西藏销声匿迹，不复存在。也因此，《钦定二十九条章程》不包括噶玛噶举派的活佛夏瑪巴，其转世灵童主要是由上一世噶玛巴的遗嘱来认定。
翌年，上述章程的部分條款彙編成《钦定二十九条章程》，第一条为：
一、关于寻找活佛及呼图克图灵童的问题。依照藏人旧例，确认灵童必扶乩于四大護法，如此难免发生弊端。大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻认轉世灵童时，邀集四大护法将灵童的名字及出生年月日八字，用满文、汉文、藏文三种文字写于籤牌上，放进瓶内，选派真正有学问之活佛，祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼佛像前正式认定。假若找到的灵童仅只一名，亦不可直接認証，须将一个有灵童的名字的籤牌，和一个没有名字的籤牌，共置瓶内，假若抽出没有名字的籤牌，就不能认定已寻得的儿童，而要另外寻找。达赖和班禅额尔德尼像父子一样，认定他们的灵童时，亦须将他们的名字用满文、汉文、藏文三种文字写在籤牌上，同样进行。这些都是大皇帝为了黄教的兴隆，和不使护法弄假作弊。这个金瓶常放在宗喀巴祖師佛像前，需要保护净洁，并进行供养。
掣签制度特设两个金「奔巴」（藏語，意為瓶），一个放在北京雍和宫，专供蒙古地区大呼圖克圖转世灵童掣签用。另一个置放在拉萨布达拉宫，专门供西藏、青海等地掣签定大活佛转世灵童。凡蒙藏大活佛如章嘉、哲布尊丹巴、达赖、班禅等转世时，均须经金瓶掣签认定。
金瓶掣签制度建立后，第一个启用金瓶掣签并得到认定的达赖是九世达赖的转世灵童，即十世达赖楚臣嘉措；第一个用金瓶掣签认定的班禅是七世班禅转世灵童，即八世班禅丹白旺修。自清帝國征服藏地至近代，仅西藏一地，就有格鲁派、噶举派、宁玛派三派的39个活佛转世系统七十多名活佛通过金瓶掣签认定。[來源請求]
中華民國蒙藏委員會1936年頒布《喇嘛轉世辦法》，承襲清制（第四条）。
1949年中华人民共和国成立后，第一个用金瓶掣签认定的大活佛是第十一世班禪額爾德尼·確吉傑布。而后又制定有《藏传佛教活佛转世管理办法》明确承袭金瓶掣签制度（第八条）。